В законе нет требований, которые регламентируют порядок присвоения номера протоколу проверки знаний. Поэтому присваивайте номер протокола согласно номенклатуре дел, установленной в вашей организации.
Если проверка знаний проходит в ЕИСОТ, номер протокола формируется в системе автоматически. Учебный центр вписывает его в бумажный протокол.